Mặc dù trong năm học 2008-2009 môn GDQP - AN còn tồn tại ở nhiều đối tượng theo nhiều chương trình. Song Đảng ủy - BGH nhà trường Đại học y Thái Bình vẫn đặc biệt quan tâm chỉ đạo các phòng ban liên quan cùng với khoa quân sự tổ chức thực hiện, đặc biệt là có sự phối kết hợp chặt chẽ giữa nhà trường và Bộ chỉ huy quân sự tỉnh Thái Bình và được sự quan tâm đảm bảo kịp thời đầy đủ của các phòng: Tham mưu - Phòng chính trị - Phòng hậu cần cũng như phòng kỹ thuật đã góp phần không nhỏ vào kết quả dạy và học môn GDQP - AN trong năm qua.